淮陰縣轄鎮。1957年為碼頭鄉，1958年改公社，1983年復置鄉，1987年建鎮。位于縣境西南部，距縣城12公里。面積33平方公里，人口2.5萬。運河、張福河、廢黃河自西向東平行穿過。轄碼頭、二閘、泰山、桃園、鄭臺、張莊鎮、玉壩、太平、新河、大溝、仲馬、惠民、陶閘、舊縣14個村委會和碼頭1個居委會。農業以種植業為主。特產湯羊肉。古跡有韓侯故里、漂母墓、釣魚臺等。漢初淮陰侯韓信、西漢辭賦家枚乘、枚皋父子均出生于此。
2018年12月，第二批江蘇省生態文明建設示范鎮村名單出爐，馬頭鎮上榜。
2015年7月，馬頭鎮入選第三批全國特色景觀旅游名鎮名村示范名單。
2014年6月，環境保護部授予馬頭鎮2012—2013年度國家級生態鄉鎮稱號。
2013年8月，被命名為第七批江蘇省歷史文化名鎮。
民國期間，碼頭曾為縣直屬鄉，后為淮陰縣一區所轄，另有一部分屬二區所管。
建國初，碼頭先后屬王營區，城南區。
1957年撤區并鄉時，改稱碼頭鄉。
1958年改稱碼頭人民公社，1983年又稱為碼頭鄉，1987年撤鄉建鎮，改稱碼頭鎮。
2018年7月，淮陰區部分行政區劃調整，以原碼頭鎮、吳城鎮、凌橋鄉行政區域，設立馬頭鎮。
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