(略) 疾病預(yù)防控制中心的“三代基因測序儀”采購

方案征集公告

各儀器設(shè)備廠家、經(jīng)營單位：

(略) 疾病預(yù)防控制中心計劃采購一臺三代基因測序儀，為了全面了解不同廠家、不同型號的設(shè)備性能、配置、使用成本、市場價格等情況，根據(jù)《中華人民共和國政府采購法》等法律法規(guī)的要求，本著“公平、公開、公正”的原則，對本次實施采購的設(shè)備進行采購方案征集工作，特邀貴單位本著誠心讓利優(yōu)惠的原則參與。采購方將組織專家小組對各單位所提供的選型方案及設(shè)備技術(shù)、性能、價格等情況進行綜合評定，并結(jié)合工作需求確定性價比最優(yōu)的設(shè)備選型方案參考為采購方案實施政府采購。現(xiàn)將具體事項通知如下：

三代基因測序儀采購需求：

1.項目名稱：三代基因測序儀

2.預(yù)算金額：*元人民幣

3.技術(shù)要求：為保證單位業(yè)務(wù)正常開展，各廠商所投產(chǎn)品必須滿足可用于微生物（包括細菌、病毒和各類真菌甚至病原蟲等）的測序檢測，可以實現(xiàn)快速物種鑒定、溯源分析與耐藥、毒力分析等。

1、測序儀主機

1.直接測序DNA/RNA樣本，無需通過PCR 擴增；

2.單次可同時運行≥2張測序芯片；

3.單張芯片產(chǎn)出≥120Gb；

4.單次準確率：單序列準確率≥99%；

5.測序時長：1min-72h內(nèi)可隨時中斷，且芯片可重復(fù)利用；

6.起始樣品總量10pg-1ug；

7.可用于全長16S測序進行微生物群落分析；可用于轉(zhuǎn)錄組全長測序，測序結(jié)果無需拼接，可直接分析轉(zhuǎn)錄本可變剪切模式；

8.最快建庫時間≤10min；

9.可通過結(jié)合Barcode實現(xiàn)擴增子的Multiplex測序，可提供≥96種Barcode序列；

10.可進行單細胞測序且有完整成熟的實驗方案，并能提供詳細的實驗方案；

11.文庫上樣后如若芯片出現(xiàn)異常，可以把文庫回收用于下一次測序。

2、生信分析系統(tǒng)

2.1、新冠全基因組分析系統(tǒng)參數(shù)：

1.提供從下機數(shù)據(jù)到生信結(jié)果一鍵式圖形界面分析，無需分步操作；

2.支持二代（illumina、ion torrent和華大）和三代（Nanopore和Pacbio）測序下機數(shù)據(jù)的分析，允許fast5，fastq，barcode fastq以及對應(yīng)壓縮包等多種數(shù)據(jù)格式直接導(dǎo)入分析，無 (略) 理；

3.提供新冠病毒全基因組組裝以及突變位點分析，突變位點表格包含突變位點位置、堿基變化、氨基酸變化、位點測序深度、支持數(shù)據(jù)比例和效應(yīng)注釋信息；

4.內(nèi)置基因組瀏覽器，支持可視化驗證位點突變真實性與模式，同時與突變位點表建立聯(lián)動機制，實現(xiàn)一鍵定位，無需手動輸入突變位點位置；

5.支持自建基因組本地數(shù)據(jù)庫，提供數(shù)據(jù)庫清空、樣本增減和meta信息編輯功能；

6.內(nèi)置GISAID來源數(shù)據(jù)庫和本地自建數(shù)據(jù)庫，提供群體比較分析，結(jié)果展示變異比較列表、系統(tǒng)進化樹、序列同源性、共享SNP數(shù)量、獨享SNP、缺失位置和插入位置；

7.提供新冠病毒全基因組下采樣式覆蓋度、正負鏈覆蓋圖和引物池覆蓋圖，獲知基因 (略) 域測序深度，統(tǒng)計不同測序深度位點，提示序列完整性；

8.提供污水新冠監(jiān)測模塊，可獲得不同分型比例信息，突變信息以及一致性序列；

9.提供fast5轉(zhuǎn)fastq（3種轉(zhuǎn)換模式）、自定義barcode拆分、接頭和barcode序列去除、fastq/fasta相互轉(zhuǎn)換、序列合并與拆分、序列轉(zhuǎn)換、序列挑選、序列條件過濾、bed位置提取、比對位置分析等功能，以圖形界面形式實現(xiàn)；

2.2、流感全基因組分析系統(tǒng)參數(shù)：

1.一個主機允許多個用戶端，支持主流系統(tǒng)（liunx系統(tǒng)、windows系統(tǒng)、MAC系統(tǒng)） (略) IP訪問，保證數(shù)據(jù)安全性及使用便利性，以圖形界面實現(xiàn)；

2.支持用戶在線和離線一鍵升級系統(tǒng)，無需命令行操作；

3.支持二代（illumina、ion torrent和華大）和三代（Nanopore和Pacbio）測序下機數(shù)據(jù)的分析，允許fast5，fastq，barcode fastq以及對應(yīng)壓縮包等多種數(shù)據(jù)格式直接導(dǎo)入分析，無 (略) 理；

4.提供流感病毒全基因組組裝以及突變位點分析，包含突變位點位置、堿基變化、位點測序深度和雜合情況信息；

5.內(nèi)置IGV基因組瀏覽器，支持可視化驗證位點突變模式；

6.提供****四種流感病毒鑒定，*流亞型鑒定，*流支系鑒定以及clade詳細分型；

7.內(nèi)置流感數(shù)據(jù)庫，基于HA和NA基因提供群體比較分析，支持本地數(shù)據(jù)導(dǎo)入共同分析，結(jié)果以變異比較列表和系統(tǒng)發(fā)育樹的方式展示；

8.提供流感病毒全基因組覆蓋度圖，獲知基因 (略) 域測序深度，統(tǒng)計不同測序深度位點，提示序列完整性；

2.3、廣譜病原微生物及耐藥分析系統(tǒng)參數(shù)：

1.支持用戶在線和離線一鍵升級系統(tǒng)，無需命令行操作；

2.支持二代（illumina、ion torrent和華大）和三代（Nanopore和Pacbio）測序下機數(shù)據(jù)的分析，允許fast5，fastq，barcode fastq以及對應(yīng)壓縮包等多種數(shù)據(jù)格式直接導(dǎo)入分析，無 (略) 理；

3.支持單樣本和多樣本測序數(shù)據(jù)自定義導(dǎo)入分析，提供樣本名稱編輯功能；

4.支持16s rDNA全長擴增子測序數(shù)據(jù)分析，搭載臨床級數(shù)據(jù)庫，提供比對質(zhì)量分布和比對長度覆蓋圖，確定鑒定結(jié)果真實性；

5.支持宏基因組分析，可同時檢測≥*種物種信息條目，包括病毒、細菌、真菌、原蟲、古菌等；

6.提供物種分類、NCBI物種號、相對豐度、人間傳染的病原微生物目錄和致病性信息，以及所有物種序列下載功能；

7.提供耐藥元件鑒定、耐藥機理和耐藥藥物鑒定等分析以及毒力元件鑒定和毒力機理等分析；

8.支持自建病原序列本地數(shù)據(jù)庫，提供blast和mapping兩種序列比較方法；

9.內(nèi)置病毒亞型數(shù)據(jù)庫，支持分析所有呼吸道和腸道病毒亞型；

10.提供樣本管理系統(tǒng)，支持輸入樣本的具體信息，包括樣本病案信息、取樣信息、臨床診斷信息，支持樣本信息和數(shù)據(jù)分析管理關(guān)聯(lián)等。

2.4、致病菌分析系統(tǒng)：

1.提供從下機數(shù)據(jù)到生信結(jié)果一鍵式圖形界面分析，無需分步操作；

2.支持二代（illumina、ion torrent和華大）和三代（Nanopore和Pacbio）測序下機數(shù)據(jù)的分析；

3.允許fast5，fastq，barcode fastq以及對應(yīng)壓縮包等多種數(shù)據(jù)格式直接導(dǎo)入分析，無 (略) 理；

4.支持單樣本和多樣本測序數(shù)據(jù)自定義導(dǎo)入分析，提供樣本名稱編輯功能；

5.支持IGV查看測序原始數(shù)據(jù)比對情況，同時也可以查看位點的突變情況；

6.支持組裝結(jié)果評估，對組裝結(jié)果進行統(tǒng)計，提供是否成環(huán)和checkM評估結(jié)果；

7.提供樣本管理系統(tǒng)，支持輸入樣本背景信息，包括樣本病案信息、取樣信息、臨床診斷信息；

8.支持樣本信息和數(shù)據(jù)分析管理關(guān)聯(lián)；

9.支持一鍵輸出可打印的分析報告，支持分析數(shù)據(jù)及結(jié)果下載、圖表輸出、病例信息關(guān)聯(lián)等；

10.主機允許用 (略) 域網(wǎng)IP遠程訪問；

11.用戶可以實現(xiàn)在線和離線一鍵升級系統(tǒng)；

12.支持沙門氏菌、大腸桿菌、志賀氏菌、副溶血弧菌、霍亂弧菌、小腸結(jié)腸耶爾森菌和空腸彎曲桿菌7種致病菌，開展全基因組數(shù)據(jù)分析，每種菌都有獨立的分析操作界面；

13.支持沙門氏菌、大腸桿菌、志賀氏菌、副溶血弧菌、霍亂弧菌、小腸結(jié)腸耶爾森菌和空腸彎曲桿菌7種致病菌支持MLST分子分型和沙門、大腸等4種cgMLST分子分型；

14.支持自建數(shù)據(jù)庫溯源分析，支持構(gòu)建進化樹。

2.5、組裝分析模塊：

1.提供從下機數(shù)據(jù)到生信結(jié)果一鍵式圖形界面分析，無需分步操作；

2.一個主機允許多個用戶端，支持主流系統(tǒng)（liunx系統(tǒng)、windows系統(tǒng)、MAC系統(tǒng)） (略) IP訪問，保證數(shù)據(jù)安全性及使用便利性，以圖形界面實現(xiàn)；

3.支持用戶在線和離線一鍵升級系統(tǒng)，無需命令行操作；

4.支持二代（illumina、ion torrent和華大）和三代（Nanopore和Pacbio）測序下機數(shù)據(jù)的分析，允許fast5，fastq，barcode fastq以及對應(yīng)壓縮包等多種數(shù)據(jù)格式直接導(dǎo)入分析，無 (略) 理；

5.支持單樣本和多樣本測序數(shù)據(jù)自定義導(dǎo)入分析，提供樣本名稱編輯功能；

6.支持主流組裝軟件選擇，提供無參、有參和混合組裝三種組裝模式，組裝結(jié)果可在軟件界面直接查閱以及自定義保存；

7.基于有參組裝模式，提供全基因組突變位點分析，包含突變位點位置、堿基變化、位點測序深度和雜合情況信息；

8.提供樣本全基因組覆蓋度圖，獲知基因 (略) 域測序深度；

9.支持基因組組裝序列注釋，包含基因類型、基因名、基因位置、EC號、COG號和功能描述，提供gff，gbk等注釋文件；

10.支持耐藥分析，提供耐藥元件、耐藥機理和耐藥藥物鑒定結(jié)果；

11.支持毒力分析，提供毒力元件和毒力機理鑒定結(jié)果；

12.支持134種細菌多位點序列分型（MLST）分析，提供管家基因等位基因編號和菌株序列型；

13.提供結(jié)果數(shù)據(jù)做圖、統(tǒng)計功能以及圖表輸出功能；

14.提供樣本管理系統(tǒng)，支持輸入樣本的具體信息，包括樣本病案信息、取樣信息、臨床診斷信息，支持樣本信息和數(shù)據(jù)分析管理關(guān)聯(lián)等。

2.6、溯源分析模塊參數(shù)：

1.提供從下機數(shù)據(jù)到生信結(jié)果一鍵式圖形界面分析，無需分步操作；

2.一個主機允許多個用戶端，支持主流系統(tǒng)（liunx系統(tǒng)、windows系統(tǒng)、MAC系統(tǒng)） (略) IP訪問，保證數(shù)據(jù)安全性及使用便利性，以圖形界面實現(xiàn)；

3.支持用戶在線和離線一鍵升級系統(tǒng)，無需命令行操作；

4.支持二代（illumina、ion torrent和華大）和三代（Nanopore和Pacbio）測序下機數(shù)據(jù)的分析，允許fast5，fastq，barcode fastq，fasta以及對應(yīng)壓縮包等多種數(shù)據(jù)格式直接導(dǎo)入分析，無 (略) 理；

5.支持單樣本和多樣本測序數(shù)據(jù)自定義導(dǎo)入分析，提供樣本名稱編輯功能；

6.支持多序列聯(lián)配，動態(tài)查閱候選位點異同，提供交互式差異位點統(tǒng)計表；

7.支持基因組相似性分析，提供進化熱圖；

8.支持系統(tǒng)發(fā)育樹和最小生成樹分析，可調(diào)整樹展示形式；

9.提供結(jié)果數(shù)據(jù)做圖、統(tǒng)計功能以及圖表輸出功能；

10.提供樣本管理系統(tǒng)，支持輸入樣本的具體信息，包括樣本病案信息、取樣信息、臨床診斷信息，支持樣本信息和數(shù)據(jù)分析管理關(guān)聯(lián)等；

3、配套工作站

工作站1：配置不低于： CPU數(shù)量≥2，核心數(shù)≥48核，線程數(shù)≥96； GPU數(shù)量≥1，顯存≥48Gb，CUDA核心≥*； 內(nèi)存≥512G，固態(tài)硬盤≥8Tb；企業(yè)級機械硬盤容量≥60Tb； 顯示器≥ 27英寸；分辨率：≥1920*1080。

工作站2：配置不低于；內(nèi)存≥128GB ，CPU:≥ i9系列；顯卡≥6G顯存系統(tǒng)盤：固態(tài)硬盤≥ 512G，數(shù)據(jù)盤: SATA硬盤≥4TB，≥ 27寸顯示器/鍵鼠。

4.回復(fù)意見的供應(yīng)商資格：滿足《中華人民共和國政府采購法》第二十二條規(guī)定

5.回復(fù)意見要求：各響應(yīng)單位根據(jù)采購人的采購需求，提供完整準確的項目方案，包括但不限于產(chǎn)品技術(shù)參數(shù)、數(shù)量、型號、品牌、制造商名稱、預(yù)算單價和總價，詳細售后服務(wù)的內(nèi)容、形式、質(zhì)保期、貨物技術(shù)性能優(yōu)勢、技術(shù)加分條款或評分細則等。

6. 回復(fù)意見方式：

6.1采購單位電話：0796-*，采購單位郵寄地址： (略) (略) 吉州大道54號；郵件接收郵箱：*@*63.com。

6.2招標代理電話：*，招標代理郵寄地址： (略) (略) 井岡山大道222號曼哈頓廣場9棟1204室；郵件接收郵箱：*@*q.com。

7.回復(fù)意見截止時間：2023年12月13日24時前，超過截止時間不予受理。

8.組織專家論證時間:2023年12月14日9時。

9.項目有關(guān)信息的聯(lián)系方式：

采購單位：王先生 0796-*

采購代理：江西 (略)

10、免責(zé)聲明：本次采購方案征集工作僅作為采購前的采購需求論證依據(jù)，工作成果不構(gòu)成采購人的履約承諾。

江西 (略)

2023年12月6日

采購需求方案征集回復(fù)函（格式）

項目名稱：三代基因測序儀

公司名稱：（蓋章）

聯(lián)系人：

聯(lián)系電話：

電子郵箱：

一、供應(yīng)商資格

此處添加營業(yè)執(zhí)照等資格條件要求的材料

二、采購設(shè)備清單

注：報價需為包干價，包括完成本項目所需的安裝費、運輸費、調(diào)試費、人工費、稅費等一切相關(guān)費用。

三、技術(shù)參數(shù)和商務(wù)要求

四、評分細則（重點是優(yōu)勢技術(shù)加分條款）

五、其他意見

“三代基因測序儀”采購計劃表

“三代基因測序儀”報價表

供應(yīng)商名稱： 單位：人民幣元

供應(yīng)商名稱（加蓋公章）：

法定代表人簽名(或其委托的全權(quán)代表人）： 日期：

注：

1.配置參數(shù)：提供詳細的技術(shù)說明文檔；

2.供應(yīng)價格：應(yīng)包括貨物、運保費、裝卸費、安裝、管理費、材料、檢測、培訓(xùn)、維護、利潤、稅金和政策性文件規(guī)定應(yīng)計取的合法取費等各項費用。